Фундаментальна «Історія запорізьких козаків» у трьох томах (СПб, 1892,1895,1897) стала підсумком багаторічної дослідницької роботи вченого, розпочатої іще в студентські роки. Безпосередній намір написати цей твір виник у Яворницького 1889 p., після видання двотомної праці «Запоріжжя у залишках старовини й переказах народу». Для її створення Дмитро Іванович використав такі фундаментальні видання документів як «Архів Південно-Західної Росії »,« Акти, які стосуються історії Південної та Західної Росії», «Пам’ятники, видані тимчасовою комісією», власні збірники, численні публікації окремих пам’яток і документів. Велику увагу присвятив історик наративним джерелам, починаючи від Геродота й закінчуючи своїм сучасником, нащадком запорожців Коржем. Особливою пошаною автора користуються літописи й хроніки давньоруські, козацькі, польські. Загалом бібліографія першого тому (першого видання) налічує 170 позицій. Іншим, не менш суттєвим джерелом «Історії запорізьких козаків» були неопубліковані документи з російських та українських архівів, бібліотек, приватних зібрань. Широко залучив автор до свого твору й праці своїх попередників — Г. Міллера, С. Соловйова, М. Маркевича, О. Рігельмана, А. Скальковського, П. Куліша, М. Максимовича, М. Костомарова, В. Антоновича й десятків інших. Велику групу джерел, які використав Д. І. Яворницький, становили матеріальні пам’ятки музейних і приватних колекцій, значний археологічний матеріал, здобутий під час численних експедицій. Величезного значення (особливо це помітно в першому томі) надавав автор фольклорно-етнографічним дослідженням регіону Запоріжжя, вивченню його топографії, топонімії, гідрографії, географії, ботаніки, зоології. Десятки разів обійшов він пішки всі землі Запорізьких вольностей, дослідив усі Січі, кілька разів ламав руки й ноги на порогах, ледь не загинув під час розкопок кургану — і все задля того, щоб відчути й збагнути героїчний дух історії, донести її до читача.
